KSeF a podatnicy zwolnieni z VAT – nowe obowiązki krok po kroku

Od lat przedsiębiorcy przyzwyczajeni byli do prostego rozróżnienia - podatnik VAT czynny musi wystawiać faktury, prowadzić rejestry i przesyłać pliki JPK, natomiast podatnik zwolniony – czy to podmiotowo (ze względu na limit obrotu), czy przedmiotowo (ze względu na rodzaj działalności) – miał mniej obowiązków. Nadchodzące zmiany związane z Krajowym Systemem e-Faktur sprawiają jednak, że ta granica staje się coraz bardziej płynna. Minister Finansów wprowadza KSeF etapami – od 1 lutego 2026 r. obejmie on największe firmy, a od 1 kwietnia 2026 r. wszystkich pozostałych podatników. Co ważne – obowiązek dotyczyć będzie także tych, którzy do tej pory korzystali ze zwolnienia z VAT.

Zwolnienie podmiotowe – limit podniesiony do 240 000 zł

Zgodnie z art. 113 ust. 1 ustawy o VAT „Zwalnia się od podatku podatników, u których wartość sprzedaży opodatkowanej nie przekroczyła w poprzednim roku podatkowym kwoty 200 000 zł.”

Od 2026 r. limit zostanie podniesiony do 240 000 zł. Oznacza to, że wielu mikroprzedsiębiorców, którzy świadczą usługi w ograniczonym zakresie – np. drobni wykonawcy, graficy komputerowi czy trenerzy – pozostanie poza VAT, ale mimo to będą musieli brać pod uwagę KSeF.

Zwolnienie podmiotowe nie oznacza bowiem braku obowiązku fakturowania w systemie – od 2026 r. wystawienie faktury dla innego przedsiębiorcy będzie musiało odbywać się w KSeF, jeśli kontrahent tego zażąda.

Zwolnienie przedmiotowe – niezależnie od przychodów

Inaczej wygląda sytuacja w przypadku zwolnienia przedmiotowego. Art. 43 ust. 1 ustawy o VAT wymienia liczne czynności, które korzystają z tego przywileju – od usług medycznych, przez edukacyjne, aż po wynajem mieszkań na cele mieszkaniowe.

Przykład

Lekarz prowadzący gabinet prywatny i osiągający przychody rzędu miliona złotych rocznie nadal pozostaje poza VAT, bo świadczy usługi zwolnione przedmiotowo. Jednak od 1 kwietnia 2026 r., jeśli wystawi fakturę na rzecz firmy ubezpieczeniowej czy spółki finansującej badania pracowników, będzie musiał to zrobić w KSeF.

Obowiązek wystawienia faktury – żądanie nabywcy

Podatnicy zwolnieni z VAT nie mają codziennego obowiązku fakturowania. Jednak zgodnie z art. 106b ust. 3 ustawy o VAT „Na żądanie nabywcy podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż zwolnioną od podatku, jeżeli żądanie zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy.”

Ten przepis ma ogromne znaczenie w praktyce. Oznacza bowiem, że nawet osoba wynajmująca jedno mieszkanie prywatnie może być zobowiązana do wystawienia faktury – jeśli najemca (np. przedsiębiorca) wystąpi o to w ustawowym terminie.

Tematyka KSeF:

1. KSeF a zagraniczni kontrahenci

2. Kto powinien być zgłoszony na druku ZAW-FA w związku z KSeF?

3. Jak poprawić błąd w dacie dostawy na fakturze w KSeF?

4. Faktura korygująca z tytułu bonusu lub rabatu w KSeF – jak ją wystawić?

5. Faktura zaliczkowa i rozliczeniowa w KSeF od 2026 – zasady dla firm z kasą fiskalną

6. KSeF a moment powstania obowiązku podatkowego przy usługach najmu

7. KSeF a ujęcie e-faktur w ewidencji VAT

KSeF w relacjach B2B i B2C

Kluczowe będzie rozróżnienie, czy faktura wystawiana jest dla przedsiębiorcy, czy dla konsumenta.

• Relacja B2B (business to business) – od 1 kwietnia 2026 r. wszystkie faktury będą musiały trafiać do KSeF. Nawet jeśli wystawia je podatnik zwolniony, dokument musi zostać sporządzony w formie ustrukturyzowanej.

• Relacja B2C (business to consumer) – jeśli nabywcą jest osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej, faktury nie muszą trafiać do KSeF. Potwierdza to art. 106ga ust. 2 pkt 4 ustawy o VAT „Obowiązek wystawienia faktury ustrukturyzowanej nie dotyczy wystawiania faktur na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej.”

W praktyce oznacza to, że np. fryzjer świadczący usługi osobom prywatnym nie będzie korzystał z KSeF, ale jeśli obsłuży spółkę, która zamówi usługę dla swojego pracownika, dokument musi zostać wystawiony w systemie.

Najem prywatny – szczególne zasady

Jednym z częstszych pytań jest kwestia najmu prywatnego. Art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy o VAT stanowi „Zwalnia się od podatku usługi w zakresie wynajmowania lub wydzierżawiania nieruchomości o charakterze mieszkalnym (…) wyłącznie na cele mieszkaniowe.”

W praktyce wygląda to tak:

• Najem dla konsumenta – np. student wynajmujący mieszkanie – faktura (na żądanie) wystawiana jest poza KSeF.

• Najem dla przedsiębiorcy – np. firma wynajmująca mieszkanie dla menedżera – faktura musi trafić do KSeF.

KSeF a podatnicy zwolnieni z VAT – nowe obowiązki krok po kroku - wynajmujący muszą więc od 2026 r. dokładnie weryfikować status najemcy. Jeżeli jest on przedsiębiorcą, faktura powinna być wystawiona w KSeF, nawet jeśli lokal jest używany prywatnie.

Jak zalogować się do KSeF jako podatnik zwolniony?

Dla osób, które do tej pory nie miały styczności z systemem, Ministerstwo Finansów przewidziało kilka sposobów logowania:

1. Profil zaufany (ePUAP) – najprostsze rozwiązanie dla osób fizycznych.

2. Podpis kwalifikowany – przydatny dla osób, które już go posiadają.

3. NIP lub PESEL – podatnik zwolniony bez NIP może korzystać z PESEL.

4. Aplikacja mobilna KSeF – pozwalająca na szybki dostęp do systemu.

Podatnik zwolniony, np. właściciel mieszkania, będzie mógł zarejestrować się w KSeF, używając PESEL i profilu zaufanego. To wystarczy, aby wystawić fakturę w systemie w przypadku żądania przedsiębiorcy.

Instrukcja krok po kroku – wystawienie faktury w KSeF przez podatnika zwolnionego

1. Logowanie – wejście do KSeF poprzez stronę Ministerstwa Finansów i logowanie się profilem zaufanym.

2. Wybór trybu wystawiania faktury – system udostępnia wzór e-faktury zgodny z wymaganiami ustawy.

3. Uzupełnienie danych:

   • dane sprzedawcy (NIP lub PESEL),

   • dane nabywcy (NIP przedsiębiorcy),

   • kwota należności,

   • opis usługi lub towaru,

   • podstawa prawna zwolnienia, np. „zwolnienie na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 36 ustawy o VAT”.

4. Zatwierdzenie i wysyłka – faktura trafia bezpośrednio do systemu i uzyskuje unikalny numer identyfikacyjny.

5. Udostępnienie nabywcy – kontrahent może odebrać dokument przez swoje konto w KSeF albo otrzymać kod QR, który pozwoli na jego pobranie.

6. Integracja z własnym programem księgowym – podatnik zwolniony z VAT nie musi każdej faktury wystawiać ręcznie w panelu KSeF. Możliwe jest połączenie programu księgowego z systemem poprzez tzw. API KSeF. Aby to zrobić, należy:

   • wygenerować token autoryzacyjny w KSeF (przypisany do podatnika lub pełnomocnika),

   • wprowadzić go w ustawieniach programu księgowego obsługującego integrację z KSeF,

   • przetestować poprawność połączenia – większość systemów księgowych posiada tryb testowy,

   • od tego momentu faktury wystawiane w programie będą automatycznie wysyłane do KSeF i otrzymywać numer referencyjny.

Takie rozwiązanie pozwala na pełną automatyzację procesu i sprawia, że podatnik nie musi logować się każdorazowo do portalu KSeF. W praktyce wystawienie faktury w używanym dotąd systemie księgowym będzie równoznaczne z przesłaniem jej do KSeF.

Praktyczne konsekwencje dla rynku

• Małe firmy i freelancerzy – będą musieli oswoić się z KSeF, nawet jeśli wystawiają pojedyncze faktury rocznie.

• Wynajmujący mieszkania – muszą nauczyć się rozpoznawać status najemcy, aby wiedzieć, w jakim trybie wystawić fakturę.

• Konsumenci – nie odczują zmian, nadal będą otrzymywać faktury papierowe lub elektroniczne poza KSeF.

• Duże firmy – już od lutego 2026 r. będą wystawiać faktury wyłącznie w KSeF, także dla zwolnionych podatników, więc mali przedsiębiorcy będą musieli umieć odebrać takie dokumenty.

KSeF a podatnicy zwolnieni z VAT – nowe obowiązki krok po kroku – podsumowanie

KSeF obejmie wszystkich podatników – także tych, którzy do tej pory cieszyli się ograniczonymi obowiązkami wobec fiskusa. Podatnicy zwolnieni z VAT, niezależnie od tego, czy korzystają ze zwolnienia podmiotowego (do 240 000 zł), czy przedmiotowego (np. najem mieszkalny), będą musieli od 1 kwietnia 2026 r. wystawiać faktury w KSeF, jeśli kontrahentem jest przedsiębiorca.

Najem prywatny w dalszym ciągu będzie zwolniony z VAT, ale w przypadku wynajmu dla firm – faktura trafi do KSeF. Dla konsumentów pozostaną tradycyjne faktury papierowe lub elektroniczne.

Drobni przedsiębiorcy i właściciele mieszkań powinni więc już teraz zarejestrować się w systemie i sprawdzić, jak działa, aby uniknąć nerwowych sytuacji w 2026 r. W praktyce oznacza to, że KSeF stanie się uniwersalnym narzędziem nie tylko dla dużych korporacji, ale także dla osób prowadzących działalność na najmniejszą skalę.