KSeF i elektroniczna dokumentacja księgowa – koniec papierowych segregatorów w firmach?

Cyfryzacja procesów podatkowych w Polsce nabiera rozpędu. Wprowadzenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) to krok milowy, który zmieni sposób, w jaki przedsiębiorcy będą dokumentować, przechowywać i udostępniać dane księgowe. Dla wielu oznacza to pytanie: czy skoro wszystkie faktury będą trafiały do KSeF, można będzie całkowicie zrezygnować z papierowej dokumentacji? Czy nadal trzeba będzie prowadzić segregatory, numerować faktury i archiwizować dokumenty fizycznie?

KSeF – początek pełnej elektronizacji dokumentacji podatkowej

Z dniem 1 lutego 2026 r. (a dla małych i średnich przedsiębiorców – 1 kwietnia 2026 r.) obowiązek wystawiania faktur w Krajowym Systemie e-Faktur stanie się powszechny.

Podstawą prawną tego obowiązku będzie art. 106ga ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 361 z późn. zm.), który stanowi:

„Podatnicy są obowiązani do wystawiania faktur przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur oraz przesyłania ich do tego systemu.”

KSeF będzie więc jedynym miejscem, w którym znajdować się będą oryginały faktur sprzedażowych i zakupowych – zarówno dla przedsiębiorców, jak i dla administracji skarbowej. System przypisze każdej fakturze unikalny identyfikator KSeF, który stanie się jej numerem w obrocie gospodarczym.

To oznacza, że „oryginał” faktury przestaje istnieć w sensie papierowym – oryginałem będzie plik XML przechowywany w systemie KSeF. Wszelkie wydruki czy wizualizacje faktur stanowić będą jedynie kopie informacyjne. Co ważne, elektroniczne dokumenty z KSeF są uznawane za pełnoprawne dowody księgowe – nie ma więc potrzeby ich drukowania czy potwierdzania podpisem.

KPiR i ewidencje elektroniczne – cyfrowa rewolucja także poza fakturami

Nowe regulacje nie kończą się na fakturach. Ministerstwo Finansów zapowiedziało, że równolegle z KSeF zostaną wprowadzone przepisy zobowiązujące do prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów (KPiR) oraz ewidencji środków trwałych w formie elektronicznej.

Projektowane rozporządzenie Ministra Finansów i Gospodarki z 6 września 2025 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów przewiduje, że:

„Księga może być prowadzona wyłącznie przy użyciu programu komputerowego umożliwiającego import danych z faktur ustrukturyzowanych przesyłanych za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur.”

W praktyce oznacza to, że dane z KSeF będą automatycznie przenoszone do KPiR lub ksiąg rachunkowych – bez ręcznego wprowadzania dokumentów.

Z kolei nowe struktury JPK (Jednolity Plik Kontrolny), takie jak JPK_KPiR i JPK_EŚT, będą przekazywane bezpośrednio do urzędów skarbowych, zastępując tradycyjne papierowe księgi i ewidencje.

Archiwizacja dokumentów w dobie KSeF – czy papier wciąż potrzebny?

KSeF i elektroniczna dokumentacja księgowa – koniec papierowych segregatorów w firmach? - zasadą stanie się przechowywanie dokumentów w formie elektronicznej. Przedsiębiorcy nie będą już zobowiązani do drukowania i segregowania faktur. Zgodnie z art. 112 ustawy o VAT, podatnicy mają obowiązek przechowywać faktury w sposób zapewniający autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność dokumentu przez wymagany okres, jednak forma przechowywania (papierowa czy elektroniczna) nie jest narzucona.

Tematyka KSeF:

1. KSeF a zagraniczni kontrahenci

2. Kto powinien być zgłoszony na druku ZAW-FA w związku z KSeF?

3. Jak poprawić błąd w dacie dostawy na fakturze w KSeF?

4. Faktura korygująca z tytułu bonusu lub rabatu w KSeF – jak ją wystawić?

5. Faktura zaliczkowa i rozliczeniowa w KSeF od 2026 – zasady dla firm z kasą fiskalną

6. KSeF a moment powstania obowiązku podatkowego przy usługach najmu

7. KSeF a ujęcie e-faktur w ewidencji VAT

8. KSeF a podatnicy zwolnieni z VAT - nowe obowiązki krok po kroku

Również ustawa o rachunkowości w art. 73 ust. 1 jednoznacznie dopuszcza elektroniczne archiwizowanie:

„Dowody księgowe, księgi rachunkowe oraz inne dokumenty stanowiące podstawę zapisów księgowych mogą być przechowywane w formie elektronicznej, w sposób zapewniający trwałość, integralność i czytelność danych przez okres wymagany przepisami.”

W konsekwencji, wystarczające będzie przechowywanie faktur w systemie informatycznym, np. w KSeF lub w chmurze, o ile spełnia on wymogi bezpieczeństwa i dostępności.

Co z dokumentami spoza KSeF – faktury zagraniczne, noty i paragony

Nie wszystkie dokumenty księgowe będą generowane w KSeF. Dotyczy to m.in. faktur:

• wystawianych przez kontrahentów z krajów UE i spoza UE,

• otrzymywanych od podmiotów, które nie mają w Polsce NIP,

• wystawianych przez podmioty zwolnione z VAT,

• paragonów fiskalnych i biletów pełniących funkcję faktury,

• dokumentów wewnętrznych (np. dowody OT, RW, protokoły).

W takich przypadkach dokumenty nadal mogą mieć postać papierową lub elektroniczną (PDF, e-mail). Jednak zgodnie z interpretacją Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 14 marca 2025 r. (0111-KDIB2-1.4010.674.2024.4.AS):

„Zeskanowane dokumenty księgowe mogą stanowić dowód księgowy, jeżeli zapewniona zostanie ich integralność, autentyczność oraz możliwość odtworzenia w niezmienionej postaci.”

Oznacza to, że wystarczy zeskanować takie dokumenty i przechowywać je w formie cyfrowej. Nie ma konieczności zachowywania papierowych oryginałów.

Numeracja i segregatory – koniec ręcznego porządkowania

Dotychczas przedsiębiorcy numerowali faktury własnymi ciągami numerów i układali je w segregatorach. Po wdrożeniu KSeF nie będzie już takiej potrzeby. Każda faktura otrzyma swój unikalny numer KSeF, który jednoznacznie identyfikuje ją w systemie.

Definicję faktury ustrukturyzowanej określa art. 2 pkt 32a ustawy o VAT:

„Fakturą ustrukturyzowaną jest faktura wystawiona przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur, zgodna ze wzorem udostępnionym w Biuletynie Informacji Publicznej ministra właściwego do spraw finansów publicznych.”

Tym samym nie trzeba będzie już tworzyć własnych serii numerów faktur – system zrobi to automatycznie. Z punktu widzenia archiwizacji, przedsiębiorca nie będzie musiał „porządkować” dokumentów – wszystkie faktury będą dostępne w systemie z możliwością wyszukiwania po NIP, dacie, kwocie czy numerze KSeF.

Elektroniczna dokumentacja a kontrola podatkowa

Nowa forma prowadzenia dokumentacji nie ogranicza praw organów podatkowych. Wręcz przeciwnie – KSeF pozwala urzędnikom uzyskać natychmiastowy dostęp do faktur ustrukturyzowanych. W przypadku faktur spoza KSeF, podatnik będzie mógł je udostępnić w formie elektronicznej – np. przesyłając plik PDF lub link do repozytorium dokumentów.

Co istotne, zgodnie z art. 112a ust. 3 ustawy o VAT:

„Podatnicy zapewniają na żądanie organów podatkowych bezzwłoczny dostęp do faktur przechowywanych w formie elektronicznej oraz możliwość ich poboru i przetwarzania danych.”

Oznacza to, że kontrola dokumentacji będzie mogła odbywać się całkowicie elektronicznie, bez konieczności przekazywania segregatorów czy kopii papierowych.

Cyfrowe biura rachunkowe – nowa rzeczywistość

KSeF zmieni również sposób współpracy przedsiębiorców z biurami rachunkowymi. Zgodnie z art. 106nd ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, system umożliwia:

„nadawanie, zmianę lub odbieranie uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur.”

Oznacza to, że klient może upoważnić swoje biuro rachunkowe do bezpośredniego dostępu do faktur w KSeF. Dzięki temu księgowi nie będą już musieli zbierać dokumentów mailowo lub w wersji papierowej – wszystkie faktury trafią automatycznie do systemu księgowego z KSeF. To całkowicie eliminuje problem brakujących dokumentów, błędnych wersji czy zaginionych faktur.

Pełna digitalizacja dokumentacji wymaga jednak odpowiedniego przygotowania technicznego i proceduralnego. Firmy muszą:

• wdrożyć system do obsługi KSeF (np. zintegrowany z programem księgowym),

• zadbać o bezpieczne przechowywanie plików elektronicznych (kopie zapasowe, chmura, szyfrowanie),

• zaktualizować politykę rachunkowości,

• opracować procedurę archiwizacji i nadawania uprawnień w KSeF,

• przygotować personel i klientów do nowego sposobu pracy.

Nie jest więc to tylko zmiana technologiczna, ale również organizacyjna – wymagająca przemyślanej polityki przechowywania danych i zarządzania dostępem.

KSeF i elektroniczna dokumentacja księgowa – koniec papierowych segregatorów w firmach? – podsumowanie

KSeF stanowi fundament pełnej cyfryzacji księgowości w Polsce. Faktury ustrukturyzowane, elektroniczna KPiR, rozszerzony JPK i możliwość digitalizacji dowodów księgowych oznaczają, że tradycyjne papierowe archiwum stanie się zbędne.

Nie będzie już potrzeby:

• numerowania faktur w segregatorach,

• przechowywania ich w formie papierowej,

• drukowania kopii dla biura rachunkowego,

• przekazywania dokumentów w teczkach lub mailowo.

Wszystkie dane znajdą się w systemach informatycznych – dostępnych zarówno dla przedsiębiorcy, jak i dla biura rachunkowego czy urzędu skarbowego. Jak potwierdza interpretacja KIS z 14 marca 2025 r. (0111-KDIB2-1.4010.674.2024.4.AS), digitalizacja dokumentacji jest w pełni dopuszczalna i skuteczna, o ile zapewnia autentyczność i integralność danych. W efekcie, prowadzenie rachunkowości wyłącznie w formie elektronicznej stanie się nie tylko możliwe, ale i naturalne. KSeF otwiera drogę do świata, w którym segregatory z fakturami odejdą do historii, a cały proces księgowy będzie się odbywał cyfrowo – od momentu wystawienia faktury, przez jej zaksięgowanie, aż po archiwizację i kontrolę podatkową.