Lekarz na zwolnieniu z VAT a obowiązek KSeF

Wraz z wejściem w życie obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) od 2026 r. pojawiły się liczne wątpliwości dotyczące sytuacji szczególnych grup zawodowych. Jedną z nich są lekarze prowadzący jednoosobową działalność gospodarczą, którzy korzystają ze zwolnienia z VAT i wystawiają faktury sprzedaży na rzecz szpitali lub innych podmiotów leczniczych. W praktyce często pojawia się pytanie, czy zwolnienie z VAT oznacza również brak obowiązku korzystania z KSeF. Odpowiedź na to pytanie jest jednoznaczna, choć dla wielu podatników zaskakująca.

Obowiązkowy KSeF od 2026 r. – zasada ogólna

Podstawą prawną obowiązkowego KSeF jest nowo dodany art. 106ga ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Zgodnie z tym przepisem:

podatnicy są obowiązani wystawiać faktury w postaci ustrukturyzowanej przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur.

Przepisy te wchodzą w życie 1 lutego 2026 r., przy czym – na podstawie regulacji przejściowych – dla większości podatników faktyczny obowiązek stosowania KSeF rozpocznie się 1 kwietnia 2026 r. lub 1 stycznia 2027 r. Co istotne, przepis ten nie różnicuje podatników ze względu na status VAT.

Zwolnienie z VAT a KSeF – brak automatycznego wyłączenia

Lekarz na zwolnieniu z VAT a obowiązek KSeF - lekarze prowadzący działalność gospodarczą bardzo często korzystają ze zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 lub 19 ustawy o VAT, jako że świadczą usługi opieki medycznej. Zwolnienie to ma jednak charakter materialnoprawny, czyli dotyczy wyłącznie braku obowiązku naliczania podatku VAT.

Ustawa o VAT nie zawiera żadnego przepisu, który wyłączałby podatników zwolnionych z VAT z obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF. Oznacza to, że:

• zwolnienie z VAT ≠ zwolnienie z KSeF,

• status „VAT zw” nie ma wpływu na sam obowiązek korzystania z systemu.

Jeżeli lekarz zostanie objęty obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych, to faktury dokumentujące sprzedaż usług medycznych również muszą być wystawiane w KSeF, nawet jeśli są zwolnione z VAT.

Sprzedaż na rzecz szpitala jako sprzedaż B2B

Istotne znaczenie ma także status nabywcy usług. W analizowanym przypadku lekarz

wystawia faktury na rzecz szpitala, a więc podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą lub działalność leczniczą w formie organizacyjnej.

Taka sprzedaż ma charakter B2B, a więc:

• nie korzysta z wyłączenia przewidzianego dla sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej,

• nie mieści się w żadnym z wyłączeń wskazanych w art. 106ga ust. 2 ustawy o VAT.

W konsekwencji faktury wystawiane przez lekarza na rzecz szpitala nie są wyłączone z KSeF ani z uwagi na zwolnienie z VAT, ani z uwagi na status nabywcy.

Kiedy lekarz musi wystawiać faktury w KSeF

Moment, od którego lekarz będzie zobowiązany do wystawiania faktur w KSeF, zależy od tego, kiedy zostanie objęty obowiązkiem systemowym zgodnie z przepisami przejściowymi. Od tego momentu:

• każda faktura sprzedaży wystawiana na rzecz szpitala,

• niezależnie od tego, że dokumentuje usługę zwolnioną z VAT,

musi być wystawiona jako faktura ustrukturyzowana przy użyciu KSeF.

Nie ma przy tym znaczenia, że:

• faktura nie zawiera stawki VAT,

• nie wykazuje kwoty podatku,

• dokumentuje czynność zwolnioną na podstawie art. 43 ustawy o VAT.

Najczęstszy błąd interpretacyjny w praktyce

W praktyce często spotykanym błędem jest utożsamianie zwolnienia z VAT z brakiem obowiązków ewidencyjnych i fakturowych. Tymczasem KSeF jest systemem fakturowania, a nie mechanizmem rozliczania podatku VAT. Ustawodawca świadomie objął obowiązkiem KSeF także podatników zwolnionych z VAT, aby zapewnić jednolity system obiegu faktur w relacjach B2B.

Lekarz na zwolnieniu z VAT a obowiązek KSeF – podsumowanie

Lekarz prowadzący jednoosobową działalność gospodarczą, korzystający ze zwolnienia z VAT, nie jest automatycznie wyłączony z obowiązku korzystania z KSeF. Po objęciu go obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych, faktury dokumentujące usługi świadczone na rzecz szpitala muszą być wystawiane za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur.

Zwolnienie z VAT dotyczy wyłącznie braku opodatkowania usług, natomiast nie wpływa na obowiązek stosowania KSeF w relacjach B2B. W konsekwencji lekarze współpracujący ze szpitalami powinni odpowiednio wcześniej przygotować się do wdrożenia fakturowania ustrukturyzowanego, nawet jeżeli nie są czynnymi podatnikami VAT.